start /wait setup.exe /qn INSTANCENAME=MSSQLSERVER REINSTALL=SQL_Engine REBUILDDATABASE=1 SAPWD=
wird die Standard Instanz des SQL Servers neu installiert.
Vorsicht:
Dabei gehen alle Daten in den Systemdatenbanken verloren (MSDB, MODEL, MASTER)
Also vorher auf jedenfall ein natives Backup der SysDB und / oder Jobs und User scripten!